Корнилий родился в 1457 году в знатной боярской семьи Крюковых. В 20 лет он постригся в монахи и занялся переписыванием книг в Кирилло-Белозерском монастыре книг. Позже Корнилий отправился странствовать по другим обителям.
В 1497 году преподобный Корнилий поселился в Комельском лесу, неподалёку от Вологды, где постепенно создал из небольшой «пустыньки» свой монастырь. В 1501 году он построил первый деревянный храм в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы, а в 1515 году, когда число насельников возросло, возвел каменный храм. В том же году Корнилий начал писать для братии монастырский устав, ставший третьим русским уставом для монашествующих.
В Комельском монастыре Корнилий организовал книгописную и иконописную мастерские.
Из-за конфликта с великим князем Василием III Корнилий около 1529 года удалился из монастыря на Сурское озеро вместе со своим учеником Геннадием. Некоторое время Корнилий провёл в затворе в Троице-Сергиевой лавре, но потом, после разрешения конфликта с Василием III, вернулся в свой монастырь, где отказался от игуменства и пребывал в затворе. Игуменом монастыря на Сурском озере стал Геннадий.
Преподобный Корнилий скончался в возрасте 82 лет.
